คณะวิทยาการอิสลาม มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ (อังกฤษ: Faculty of Islamic Sciences, Prince of Songkla University) ตั้งอยู่ในวิทยาเขตปัตตานี โดยจัดตั้งเมื่อ 31 ธันวาคม พ.ศ. 2532 จัดการเรียนการสอนในสาขาอิสลามศึกษาทั้งในระดับปริญญาตรี และระดับบัณฑิตศึกษา ซึ่งจัดตั้งขึ้นจากการเสนอของสำนักงานคณะกรรมการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ เพื่อจัดให้เป็นศูนย์กลางการศึกษาศาสนาอิสลามจนถึงระดับอุดมศึกษา โดยมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์มีนโยบายในการเปิดสาขาวิชาการศึกษาอิสลาม ขึ้นในคณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ โดยเตรียมจัดตั้งภาควิชาการศึกษาอิสลาม และร่างหลักสูตรอิสลามศึกษาในระดับปริญญาตรีแล้ว โดยได้ผ่านการอนุมัติจากทบวงมหาวิทยาลัยเมื่อวันที่ 24 ธันวาคม พ.ศ. 2532 นอกจากนั้น ยังเตรียมโครงการจัดตั้งศูนย์อิสลามศึกษา โดยได้รับความเห็นชอบจากสภามหาวิทยาลัย ทบวงมหาวิทยาลัย และเมื่อนำเสนอต่อคณะรัฐมนตรี จึงได้อนุมัติให้จัดตั้งเป็น วิทยาลัยอิสลามศึกษา เมื่อวันที่ 31 ธันวาคม พ.ศ. 2532 มีฐานะเป็นคณะหนึ่งในมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์[2]